El Ministerio Público es autónomo y está presidido por el fiscal de la  nación. De acuerdo a lo señalado por la Constitución Política y su ley orgánica, el Ministerio Público es el órgano que se encarga de la defensa y protección de los derechos fundamentales, entre ellos el derecho a gozar de un ambiente equilibrado y adecuado al desarrollo de la vida.

Asimismo, se encarga de conducir desde su inicio la investigación del delito, para lo cual la Policía Nacional está obligada a cumplir sus mandatos, y de ejercitar la acción penal, ya sea de oficio o a petición de parte.

Dentro del Ministerio Público, se han creado, mediante resolución de la junta de fiscales supremos 038-2008-MP-FN-JFS de fecha 13 de marzo del 2008, las fiscalías especializadas en materia ambiental, con competencia para prevenir e investigar delitos en diversos distritos judiciales.