Las DIREPRO de los gobiernos regionales con competencia en la Amazonía peruana y la Dirección General de Seguimiento, Control y Vigilancia (DIGSECOVI) del Ministerio de la Producción, según corresponda, realizan las acciones de control y vigilancia para el cumplimiento de las normas establecidas en el ordenamiento legal pesquero vigente. Estas entidades establecerán un programa anual de actividades para el cumplimiento de lo establecido en el reglamento. El programa deberá incluir actividades, cronograma de ejecución y el presupuesto correspondiente.

Los pescadores están obligados a cooperar con las autoridades en las actividades de vigilancia y control y a proporcionarles durante y después de sus operaciones de pesca la información que les sea requerida, así como estadísticas de pesca e información que sea necesaria para fines de investigación, fiscalización y control pesqueros. Con ese propósito se desarrollan programas de capacitación y difusión destinados a los pescadores.