Se busca fortalecer la gestión integrada de las zonas marino-costeras y sus recursos con un enfoque ecosistémico, promoviendo el aprovechamiento sostenible, la conservación y la investigación de la diversidad biológica de los ecosistemas marino-costeros, siempre protegiendo los ecosistemas frágiles, como los humedales y las cuencas de la región costera.

Asimismo, se promueve el ordenamiento de las zonas marino-costeras a través de la zonificación ecológica y económica, para un aprovechamiento sostenible de sus recursos, monitoreando y vigilando los vertimientos contaminantes en el mar territorial nacional, con prioridad en las zonas más cercanas a la costa.